Vai constar o mandado de prisão quando eu for assinar um B.O.?

Bom Dia Chaiene, sim, no sistema ainda constará o mandado de prisão que foi expedido, contudo, por se tratar de outro processo, pode ser que o pessoal não tenha conhecimento do mesmo, contudo o risco existe.

Nesse caso você deve avaliar o que é melhor, pois não comparecendo será expedido um novo, e serão duas penas a serem cumpridas, e pelo menos, nesse momento, o mesmo terá vigência, não prescrevendo, pelo menos nesse momento, não cabendo fugir para sempre.